1. MALDI-TOF MS的常规应用
1.1 MALDI-TOF MS对常见细菌的鉴定
张明新等复苏560株临床分离株，应用MALDI-TOF MS鉴定临床常见病原菌。MALDI-TOF MS与Vitek2Compact鉴定结果比较，G+细菌鉴定符合率为94.6%（246/260），G-细菌鉴定符合率为96.7%（174/180），酵母菌鉴定符合率为95.0%（57/60），肠道致病菌鉴定符合率为93.3%（56/60）。
Sogawa K等将从临床实验室获得的468株菌落直接点靶进行MALDI-TOF MS鉴定，物种和属各级的识别率分别为91.7%（429/468）和97.0%（454/468）。
1.2 MALDI-TOF MS对微需氧及厌氧菌的鉴定
近年来随着临床对微需氧及厌氧菌的日益重视，对其的检测研究逐渐增多，其培养阳性率也逐渐提高。但微需氧及厌氧菌对培养条件及鉴定条件要求苛刻，传统生化鉴定技术很难满足临床实验室快速准确鉴定微需氧及厌氧菌的要求。袁梁等人利用MALDI-TOF MS技术对56株厌氧菌进行了研究显示：53株MALDI-TOF MS与16SrRNA基因序列鉴定结果一致，符合率达94.6%，传统生化Vitek32 ANI鉴定卡45株鉴定结果与16SrRNA基因序列鉴定结果一致，符合率为80.4%。与基因鉴定结果相比较，MALDI-TOF MS技术鉴定符合率高于传统生化鉴定技术。
1.3 MALDI-TOF MS对真菌的鉴定
目前，临床上对于真菌的鉴定主要有传统的微生物鉴定法、Vitek微生物鉴定系统及MALDI-TOF MS法。传统微生物鉴定中对于真菌一般有压片、染色镜检，观察其菌丝和孢子，由于真菌生长周期长，传统方法无法满足临床对于病原菌快速而准确鉴定的要求。
有报道称，对于临床分离得到的241株真菌通过MALDI-TOF MS进行鉴定（包括念珠菌、隐球菌、红酵母），92%均能准确鉴定到种的水平。在真菌的鉴定方面许多研究证实MALDI-TOF MS能够用来鉴定多种真菌，尤其是临床比较常见酵母菌，也能对青霉、曲霉、镰刀菌、以及皮肤真菌等进行鉴定。
1.4 MALDI-TOF MS对结核及非典型分枝杆菌的检测
由于结核及非典型分枝杆菌的营养要求高、生长缓慢，传统微生物鉴定只能通过抗酸染色、培养、PCR等对其进行鉴定，不仅费时，而且PCR对试验条件和人员素质要求均较高，成本较大。而MALDI-TOF MS则可以快速而准确的获取其特异的蛋白质谱图，通过与数据库的比对快速得出结果。此外，与VITEK-MS系统相比，应用MALDI-TOF MS对临床分离株进行鉴别，从基因水平和物种水平两方面的鉴定率分别为87.3%和62.8%，均优于VITEK-MS系统。
1.5 MALDI-TOF MS对病毒的检测
至今为止，应用MALDI-TOF MS技术来检测病毒方面的报道很少，但有报道可用MALDI-TOF MS来鉴定病毒融合蛋白，来确定病毒株的毒力、病毒糖蛋白、衣壳蛋白。还有报道用MALDI-TOF MS通过病毒蛋白不同的分子量从病毒基因组水平来鉴别特定限制性片段，或者用来鉴别特异的基因突变。
1.6 MALDI-TOF MS对细菌的毒力因子鉴定
应用MALDI-TOF MS对金黄色葡萄球菌的毒力因子鉴定已有报道，然而需要先在SDS-PAGE上提取蛋白。近日，Bittar等成功的使用MALDI-TOF MS鉴定出了PVL（Panton–Valentine leukocidin）阳性的葡萄球菌。应用ClinProToolsTM软件（布鲁克道尔顿，德国）分析，在57株PVL阴性金葡和24株PVL阳性金葡中，PVL阳性株能在4448m/z质谱峰处检测到特异质谱峰。应用此特异质谱峰筛选34株金葡，发现2株PVL阳性株。此种方法的敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值分别为100%、90.6、40和100%。
2、深度应用
2.1 MALDI-TOF MS对血培养的直接鉴定
Katherine Bond等研究报道了应用MALDI-TOF MS直接对血阳性瓶进行鉴定的应用。与传统培养需要24h或更多时间的检测技术相比，MALDI-TOF MS可以在4~6小时内对血液标本中的致病菌进行检测和鉴定。荷兰的Marc Bonten团队研究显示对血液标本中的致病菌进行MALDI-TOF MS鉴定的平均时间是16小时，与传统的检测方法需要45小时相比大大缩短检测时间，也为临床合理应用抗生素治疗提供了可靠的依据。
2.2 MALDI-TOF MS对尿液的直接鉴定
传统尿液微生物的检测依赖于涂片及细菌的培养，但临床更倾向于快速的检测技术，现在常规使用的技术并不能满足临床的需要。MALDI-TOF MS技术的优势可以弥补传统方法的不足。有学者对收集到的1040份尿液标本进行了尿细菌培养及直接质谱鉴定，其结果显示1040份标本中共鉴定出细菌的标本有526份，其中包括培养出1种菌的标本430份，尿病原菌直接质谱鉴定率为92.7%（430/464）；培养出2种菌的标本96份，尿病原菌直接质谱鉴定率为75%（96/128）；尿病原菌直接质谱鉴定法鉴定出的细菌与尿细菌培养法鉴定出的细菌菌种一致，符合率为100/100。
2.3 质谱与核酸研究
现代质谱技术自诞生以来，在多肽及蛋白质的研究中获得极大的成功，于是人们开始尝试着将质谱技术用于核酸的研究工作。近年来，合成寡核苷酸及其类似物，作为反义治疗剂在病毒感染和一些癌症的治疗方面，有着良好的前景。
3、细菌或真菌的耐药性检测和耐药机制研究
3.1 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的检测
MALDI-TOF MS常用于鉴别MRSA和甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌（MSSA）。由染色体DNA介导的固有耐药性，主要是mec基因编码的PBP2a的耐药性，这是最常见的耐药机制。MALDI-TOF MS主要通过检测MRSA蛋白表达的差异，来实现耐药性的检测。Du Z等对76株金黄色葡萄球菌进行MALDI-TOF MS耐药性检测，结果显示MSSA与MRSA的质谱图的差异集中在2400 Da至2500 Da区间。本实验室的研究证明MALDI-TOF MS通过质谱峰值的比对可区分MRSA与MSSA。
3.2 万古霉素耐药的肠球菌（VRE）的检测
MALDI-TOF MS用于VRE检测的研究并不多，Griffin通过对质谱峰数学建模的方式，能够将携带vanB基因的VRE与万古霉素敏感的屎肠球菌鉴别。
3.3 革兰阴性杆菌耐药性检测
产ESBLs酶或碳青霉烯酶是革兰氏阴性杆菌耐药的最主要原因。MALDI-TOF MS检测的原理是β-内酰胺类抗生素的β-内酰键被细菌产生的β-内酰胺类酶水解，导致抗生素分子量增加18Da。抗生素的羟基会与盐溶液中的Na结合导致分子量增加22Da。某些环境下，水解产物会直接脱羧，引起分子量减少44Da。通过质谱监测β-内酰胺类抗生素分子量的变化，即可准确鉴定细菌产β-内酰胺类酶。国内研究将ClinPro Tools软件与质谱的检测相结合，通过数学建模实现质谱图的自动化分析，实现耐药细菌与敏感细菌的自动分组鉴别。
3.4 耐药基因突变的检测
MALDI-TOF MS的微测序法可以检测耐药基因的单核苷酸多态性。Ikryannikova等应用MALDI-TOF MS微测序法检测了利福平耐药结核分枝杆菌的rpoB基因及异烟肼耐药结核分枝杆菌katG基因的突变，同时该研究组还应用此技术检测了blaTEM基因突变。
3.5 真菌药物敏感试验的检测
检测原理是真菌在不同浓度的抗真菌药的压力下，表达的蛋白组会不同，MALDI-TOF MS可以检测其蛋白谱的变化。Carolis 应用MALDI-TOF MS检测了酵母菌及曲霉菌的卡泊芬净的最低抑菌浓度。
（本文章来源于检验视界网）